W X–XII wieku istniał w okolicach dzisiejszego rynku gród, który posiadał dogodną lokalizację na granicy Brandenburgii i Pomorza rządzonego przez Piastów. Po roku 1200 osada otrzymała z rąk księcia szczecińskiego Barnima I magdeburskie prawa miejskie. W roku 1244, pod niemiecką kontrolą chojna ,po raz pierwszy w dokumentach zostaje nazwana Konigesberge. A w 1250 miasto zostaje zajęte przez Brandenburgię. 20 lat później owa Konigsbergia zostaje mianowana tymczasową stolicą Nowej Marchii.
W 1939 roku niemieckie siły powietrzne zbudowały na południe od miasta lotnisko, które jednak nie zostało użyte podczas kampanii wrześniowej.
Pod koniec wojny powstała tu filia kobiecego niemieckiego nazistowskiego obozu koncentracyjnego w Ravensbrück. Więźniarki przebywały w drewnianych barakach otoczonych drutem kolczastym, a ich zadaniem było przygotowanie terenu pod rozbudowę wojskowego lotniska.
Podczas przechodzenia przez te tereny frontu rosyjsko-niemieckiego w styczniu 1945 r. miasto nie miało znaczenia militarnego. 4 lutego 1945 roku nastąpiła ewakuacja ludności niemieckiej miasta przez Schwedt/Oder w głąb Niemiec, a burmistrz został przez sąd SS pod przewodnictwem oficera SS Otto Skorzenego skazany na karę śmierci przez powieszenie. W tym samym dniu wojska Armii Czerwonej zajęły miasto. 16 lutego 1945 r. wojska Armii Czerwonej spaliły całe centrum miasta z kościołem Najświętszej Marii Panny i ratuszem, substancja miejska została zniszczona w 80 procentach.
Kaplica Świętej Gertrudy
Chojna o wschodzie słońca
Zobacz film dokumentalny o Szkole Podstawowej nr 1 im. Janusza Korczaka w Chojnie
